José Javier Marcos nació en Palencia (España) el 19 de marzo de 1961. Estudió Derecho en las Universidades de Valladolid y León. Es doctor en Teología por la Universidad Pontificia de la Santa Cruz.
De 1984 a 1990 ha desarrollado el ejercicio libre de la abogacía en Burgos (España), donde fue Presidente de la Agrupación de abogados jóvenes y, además de asistir a varios congresos y reuniones sobre cuestiones jurídicas, ha participado como asesor en una comisión especial sobre la problemática de la drogadicción y ayuda al drogadicto (1987-1990).
En 1992 fue nombrado Director de promoción y desarrollo y miembro del Consejo del Rector de la Universidad de la Santa Cruz, coordinando y dirigiendo las áreas de promoción económica, oficina de información, asesoramiento jurídico, publicaciones y el departamento de personal.
Tras su ordenación sacerdotal en 1998, ha enseñado Teología moral. Es autor de diversas publicaciones sobre afectividad y vida moral cristiana.
En 2010 fue nombrado Vicario Secretario Central de la Prelatura del Opus Dei, cargo que ocupó hasta 2016.